J'ai fais comme tu a dis a la 1er version ( avec des condition ) mais je trouve cette version baucoup plus propre :) , pui le code et plus claire comme sa je trouve :)

Mon code manque de commentaire je suis d'accord :)
Pour crée une fonction pour le viginaire & cesar je l'avais fait au début , mais bon pour les 3 lgnes qui change celon le type je me suis dit que faire sa serais plus simple :p .
pour les raisonement : google > cryptographie jule cesar ou carré de viginaire .

Non le dossier crée aura les droit root , donc non modifiable par un "pirate", donc la somme des hash & les sauvgarde des binaires serons proteger ,tu peus maitre le scanner dans le meme dossier .Pour plus de sécuriter tu peux enlever tous les droits au dossier par les utilisateur styl : chmod oaug-rwx /usr/.SauvgardeBinaire .
Après le programme en lui meme ne fais que renvoyer le hashmd5 des binaire et les compare a se qui on etait prise l'or du setup et te prévien en cas de modification . je voi pas trop ou et le danger, mais tu peux developper les risques qu'il pourrait y avoir selon toi?
Comme dis toute critique constructive ne mène que ver l'amélioration :p